먼저, 연장근로수당 미지급 부분에 대한 피고인의 상고에 대하여 본다.
실제 근무실적에 따라 지급되어야 할 시간외, 야간 및 휴일수당 등을 근로시간 및 근로형태와 업무의 성질 등을 참작하고 계산의 편의와 직원의 근무의욕을 고취하는 뜻에서 매월 일정액을 제수당으로 지급하는 내용의 계약을 체결하였다 하더라도 근로자에게 불이익이 없고 제반 사정에 비추어 정당하다고 인정될 때에는 이를 무효라고 할 수 없다(대법원 1991. 4. 23. 선고 89다카32118 판결, 2001. 1. 16. 선고 99다37924 판결 등 참조).
그런데 기록에 의하면, (학교명 생략)고등학교의 보수규정은 연장근로수당에 관하여 학교 예산의 범위 안에서 교장이 교사들에 대하여 호봉에 따라 월 60,000원 - 75,000원씩을 지급할 수 있도록 규정하고 있고, 피고인은 위 규정에 따라 교사들에게 실제 시간외 근로시간에 상관없이 호봉에 따라 일률적으로 정액의 연장근로수당을 지급하여 왔으며, 심지어 교사들이 출근하지 않는 방학 기간 중에도 동일한 금액을 연장근로수당으로 지급하여 온 사실, 공소외 1, 공소외 2, 공소외 3을 비롯한 (학교명 생략)고등학교의 교사들은 이 사건 이전까지 한 번도 연장근로수당에 관하여 이의를 제기한 적이 없었던 사실을 알 수 있는바, 이와 같이 정액의 연장근로수당을 지급하기로 하는 보수규정에 따라 교사들이 아무런 이의 없이 장기간 정액의 연장근로수당을 지급받아 왔다면, 피고인과 교사들 사이에 연장근로수당을 정액으로 지급하기로 하는 약정이 체결된 것으로 볼 수 있으므로, 피고인의 연장근로수당 차액 부분(연장 근로시간으로 계산한 연장근로수당과 피고인이 지급한 정액의 연장근로수당의 차액) 미지급행위를 유죄로 인정하려면 먼저 그 계약이 근로자에게 불이익하거나 제반 사정에 비추어 정당하다고 인정될 수 없어 무효인지에 관하여 심리를 하여야 할 것이다.
또한, 임금 지급의무의 존부 및 범위에 관하여 다툴 만한 근거가 있는 것이라면 피고인이 임금을 지급하지 아니한 데에 상당한 이유가 있다고 보아야 할 것이어서 그 고의를 인정하기 어려운 것이므로(대법원 2004. 12. 24. 선고 2004도6969 판결 등 참조), 만일 위 계약이 근로자에게 불이익하거나 제반 사정에 비추어 정당하다고 인정될 수 없어 무효인 경우에는 나아가 피고인이 연장근로수당 차액 부분의 지급의무에 관하여 다툴 만한 상당한 이유가 있었는지에 관하여도 살펴보아야 할 것이다.
그럼에도 불구하고, 원심은 연장근로수당을 정액으로 지급하기로 하는 약정의 존부와 효력 및 그 지급의무에 관하여 다툴 만한 상당한 이유가 있는지 여부에 대하여 제대로 심리를 하지 아니한 채 이 사건 연장근로수당 미지급의 공소사실을 유죄로 인정하였으니, 원심판결에는 심리를 제대로 하지 아니하였거나 연장근로수당의 지급의무 등에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 할 것이고, 이러한 위법은 판결에 영향을 미쳤음이 분명하다.