이러한 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴본다. JW중외제약 우선주의 경우 JW중외제약 우선주에 대한 시세조종기간 동안 의약품 업종 및 JW중외제약의 고유한 상승세 등에 비추어 보면, 피고인의 시세조종행위로 인한 주가상승분 외에 주식시장의 정상적인 주가변동요인에 의한 주가상승분도 존재하는 것으로 보인다. 특히, JW중외제약의 신약개발 소식으로 JW중외제약 우선주 주가가 급등한 점, 피고인이 신약개발 소식 공개 전에 JW중외제약 우선주를 매집하였다가 주가가 급등하는 과정에서 이를 전량 매도한 점, 그 시기에 피고인이 얻은 차익의 대부분은 JW중외제약의 신약개발 소식 공개 전에 매수한 주식을 주가 급등 후 매도한 것에서 기인하는 점 등을 고려하면, 피고인의 시세조종행위가 단기간 매수와 매도를 반복하는 형태라 하더라도 통상적인 방법으로 이득액을 산정할 경우 그 이득액에 시세조종행위 외의 주가변동요인에 의한 주가상승분도 포함될 수 있어 부당하게 된다. 한편 코오롱 우선주의 경우 시세조종기간 동안과 시세조종행위 종료 후 주가 추이, 주가상승에 있어 코오롱 보통주와 차이 등에 비추어 보면 피고인의 시세조종행위로 인한 이득액을 산정하면서 시세조종행위와 관련한 거래행위로 인한 총수입에서 총거래비용을 공제한 차액으로 산정할 수 있는 통상적인 경우에 해당할 수 있다. 이러한 경우 원심으로서는 포괄일죄의 관계에 있는 각각의 시세조종행위와 인과관계 있는 이득액을 산정하되 일부 범행으로 인한 이득액을 산정할 수 없는 경우에는 책임주의 원칙에 입각하여 증명책임의 원칙에 따라 전체 시세조종행위와 인과관계 있는 이득액을 구분하여 산정하여야 한다(앞서 본 대법원 2011도8109 판결 참조).
그런데도 원심은 판시와 같은 이유만으로 피고인의 시세조종행위로 얻은 이득액을 산정하면서 통상적인 방법을 사용하더라도 부당하다고 볼 수 없다고 판단하였다. 원심의 판단에는 자본시장법 제443조 제1항에서 정한 ‘위반행위로 얻은 이익’의 개념과 산정 방법에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 피고인의 상고이유 주장은 이유 있다.