원심판결 이유를 관련 법리와 적법하게 채택된 증거에 따라 살펴보면, 퇴직급여법위반 부분에 관한 원심의 판단은 정당하고 상고이유 주장과 같이 필요한 심리를 다하지 않은 채 퇴직급여법 위반죄의 고의에 관한 법리를 오해하거나 증거재판주의를 위반한 잘못이 없다. 그러나 근로기준법 위반 부분에 관한 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 받아들이기 어렵다.
금품청산의무 불이행으로 인한 근로기준법 위반죄는 근로자의 사망 또는 퇴직으로 임금 등의 지급사유가 발생한 때부터 14일이 경과하는 때에 성립한다(대법원 2006. 5. 11. 선고 2005도8364 판결 참조). 임금 등 지급의무의 존부와 범위에 관하여 다툴 만한 근거가 있다면 사용자가 임금 등을 지급하지 않은 데에 상당한 이유가 있다고 보아야 하므로 사용자에게 근로기준법 제109조 제1항, 제36조 위반죄의 고의가 있었다고 보기 어렵다. 임금 등 지급의무의 존부와 범위에 관하여 다툴 만한 근거가 있는지는 사용자의 지급거절 이유와 지급의무의 근거, 사용자가 운영하는 회사의 조직과 규모, 사업 목적 등 여러 사항, 그 밖에 임금 등 지급의무의 존부와 범위에 관한 다툼 당시의 여러 사정에 비추어 판단하여야 한다(대법원 2007. 6. 28. 선고 2007도1539 판결, 대법원 2017. 7. 11. 선고 2017도4343 판결 등 참조).
기록에 비추어 살펴보면, 공소외인은 피고인의 교회에서 2018. 6. 27.까지 근무하다가 퇴직하였으므로 이 사건 근로기준법 위반죄는 그로부터 14일이 지난 2018. 7. 12. 성립하는데, 원심 판시 별지 범죄일람표 중 2013. 7.부터 2015. 6.까지의 ‘수당차액(미지급 임금)’란 기재 임금 부분과 2013. 10. 7.부터 2014. 10. 6.까지의 연차유급휴가 미사용 수당 416,800원 부분에 대하여는 근로기준법 제49조가 정한 3년의 소멸시효 기간이 이미 경과한 것으로 보인다.
그렇다면 피고인으로서는 위 임금 부분과 연차유급휴가 미사용 수당 부분의 지급의무 존부에 관하여 다툴 만한 근거가 있어 이를 지급하지 않은 데에 정당한 이유가 있다고 볼 수 있으므로, 피고인에게 이 부분 임금과 수당 미지급으로 인한 근로기준법 위반죄의 고의가 있었다고 단정하기 어렵다.