법 제45조의3 및 제45조의4에서 "지배주주"란 「법인세법」제2조제1항제6호에 따른 외국인투자기업으로서 같은 항 제1호에 따른 외국인이 해당 외국인투자기업의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 소유하는 법인은 제외한다. 이 경우 거주자 및 내국법인이 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유(「조세특례제한법 시행령」제116조의2제12항에 따라 계산한 간접으로 소유하는 부분을 포함한다)하는 외국법인은 외국인으로 보지 않는다]의 주식등을 직접 또는 간접으로 보유하고 있는 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조 및 제34조의4에서 "지배주주"라 한다)로 하되, 이에 해당하는 자가 두 명 이상일 때에는 해당 법인의 임원에 대한 임면권의 행사와 사업 방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 관하여 사실상의 영향력이 더 큰 자로서 기획재정부령으로 정하는 자를 지배주주로 한다. 다만, 해당 법인의 최대주주등 중에서 본인과 그의 특수관계인(사용인은 제외하며, 이하 이 조 및 제34조의5에서 "본인의 친족등"이라 한다)의 주식등 보유비율의 합계가 사용인의 주식등 보유비율보다 많은 경우에는 본인과 본인의 친족등 중에서 지배주주를 판정한다. <개정 2013.2.15, 2013.6.11, 2014.2.21, 2015.2.3, 2016.2.5, 2019.2.12, 2020.2.11, 2025.2.28>
1.
해당 법인의 최대주주등 중에서 그 법인에 대한 직접보유비율[보유하고 있는 법인의 주식등을 그 법인의 발행주식총수등(자기주식과 자기출자지분은 제외한다)으로 나눈 비율을 말한다. 이하 같다]이 가장 높은 자가 개인인 경우에는 그 개인
2.
해당 법인의 최대주주등 중에서 그 법인에 대한 직접보유비율이 가장 높은 자가 법인인 경우에는 그 법인에 대한 직접보유비율과 간접보유비율을 모두 합하여 계산한 비율이 가장 높은 개인. 다만, 다음 각 목에 해당하는 자는 제외한다.
가.
해당 법인의 주주등이면서 그 법인의 최대주주등에 해당하지 아니한 자
나.
해당 법인의 최대주주등 중에서 그 법인에 대한 직접보유비율이 가장 높은 자에 해당하는 법인의 주주등이면서 최대주주등에 해당하지 아니한 자
②
제1항제2호에서 간접보유비율은 개인과 해당 법인 사이에 주식보유를 통하여 한 개 이상의 법인(이하 이 조에서 "간접출자법인"이라 한다)이 개재되어 있는 경우(이하 이 조에서 "간접출자관계"라 한다)에 각 단계의 직접보유비율을 모두 곱하여 산출한 비율을 말한다. 이 경우 개인과 해당 법인 사이에 둘 이상의 간접출자관계가 있는 경우에는 개인의 해당 법인에 대한 간접보유비율은 각각의 간접출자관계에서 산출한 비율을 모두 합하여 산출한다. <개정 2020.2.11>
③
법 제45조의3제1항 각 호 외의 부분 후단에서 "사업부문별로 회계를 구분하여 기록하는 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우"란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우를 말한다. <신설 2023.2.28>
1.
사업부문별로 자산ㆍ부채 및 손익을 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 각각 독립된 계정과목으로 구분하여 경리할 것
2.
한국표준산업분류에 따른 세세분류 이상으로 사업부문을 구분할 것
④
제3항 각 호의 요건을 모두 갖춘 법인의 특수관계법인거래비율 및 세후영업이익은 법 제45조의3제1항 각 호 외의 부분 후단에 따라 사업부문별로 계산할 수 있다. 이 경우 법 제45조의3제1항제1호에 해당하는 사업부문이 둘 이상인 경우에는 그 둘 이상의 사업부문을 하나의 사업부문으로 보아 특수관계법인거래비율 및 세후영업이익을 계산한다. <신설 2023.2.28>
⑤
법 제45조의3제1항제1호가목에서 "대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 법인"(이하 이 조에서 "특수관계법인"이라 한다)이란 제1항에 따른 지배주주와 제2조의2제1항제3호부터 제8호까지의 관계에 있는 자를 말한다. <개정 2014.2.21, 2016.2.5, 2018.2.13, 2023.2.28>
⑥
법 제45조의3제1항제1호가목에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 「조세특례제한법」제6조에 따른 공시대상기업집단에 소속되지 아니하는 기업(이하 이 조에서 "중소기업"이라 한다)을 말하고, "대통령령으로 정하는 중견기업"이란 「조세특례제한법 시행령」제9조에 따른 공시대상기업집단에 소속되지 아니하는 기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)을 말한다. <개정 2018.2.13, 2020.2.11, 2021.2.17, 2021.12.28, 2022.2.15, 2023.2.28>
⑦
법 제45조의3제1항제1호가목에서 "대통령령으로 정하는 비율"이란 100분의 30(중소기업에 해당하는 경우에는 100분의 50, 중견기업에 해당하는 경우에는 100분의 40)을 말한다. <개정 2014.2.21, 2017.2.7, 2018.2.13, 2023.2.28>
⑧
법 제45조의3제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "지배주주의 친족"이란 제1항에 따른 지배주주의 친족으로서 수혜법인(법 제45조의3제1항에 따른 수혜법인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 사업연도 말에 수혜법인에 대한 직접보유비율과 간접보유비율(제18항 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접출자법인을 통하여 수혜법인에 간접적으로 출자하는 경우의 간접보유비율을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 합하여 계산한 비율이 한계보유비율을 초과하는 자를 말한다. <개정 2014.2.21, 2018.2.13, 2019.2.12, 2020.2.11, 2023.2.28, 2024.2.29>
⑨
법 제45조의3제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 보유비율"이란 100분의 3(수혜법인이 중소기업 또는 중견기업에 해당하는 경우에는 100분의 10으로 하며, 이하 이 조에서 "한계보유비율"이라 한다)을 말한다. <개정 2014.2.21, 2018.2.13, 2023.2.28>
⑩
법 제45조의3제4항에서 "중소기업인 수혜법인과 중소기업인 특수관계법인 간의 거래에서 발생하는 매출액 등 대통령령으로 정하는 매출액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액(이하 이 조에서 "과세제외매출액"이라 한다)을 말한다. 이 경우 다음 각 호에 동시에 해당하는 경우에는 더 큰 금액으로 한다. <신설 2014.2.21, 2015.2.3, 2020.2.11, 2021.12.28, 2023.2.28, 2025.2.28>
1.
중소기업인 수혜법인이 중소기업인 특수관계법인과 거래한 매출액
2.
수혜법인이 본인의 주식보유비율이 100분의 50 이상인 특수관계법인과 거래한 매출액
3.
수혜법인이 본인의 주식보유비율이 100분의 50 미만인 특수관계법인과 거래한 매출액에 그 특수관계법인에 대한 수혜법인의 주식보유비율을 곱한 금액
4.
수혜법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제2조제7호에 따른 지주회사(이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)인 경우로서 수혜법인의 같은 법 제2조제8호에 따른 자회사(이하 이 조에서 "자회사"라 한다) 및 같은 법 제2조제9호에 따른 손자회사(같은 법 제18조제5항에 따른 증손회사를 포함하며, 이하 이 조에서 "손자회사"라 한다)와 거래한 매출액
5.
수혜법인이 제품ㆍ상품의 수출(「부가가치세법」제21조제2항에 따른 수출을 말한다)을 목적으로 특수관계법인과 거래한 매출액
5의2.
수혜법인이 용역을 국외에서 공급(「부가가치세법」제22조에 따라 영세율이 적용되는 용역의 공급을 말한다)할 목적으로 특수관계법인과 거래한 매출액
5의3.
수혜법인이 「부가가치세법」제24조제1항에 따라 영세율이 적용되는 용역의 공급으로서 같은 법 시행령 제33조제2항제1호다목 또는 바목에 따른 용역의 공급(해당 용역을 공급받은 비거주자 또는 외국법인이 공급받은 용역과 동일한 용역을 다시 거주자 또는 내국법인에 공급하는 경우는 제외한다)을 목적으로 특수관계법인과 거래한 매출액
6.
수혜법인이 다른 법률에 따라 의무적으로 특수관계법인과 거래한 매출액
7.
한국표준산업분류에 따른 스포츠 클럽 운영업 중 프로스포츠구단 운영을 주된 사업으로 하는 수혜법인이 특수관계법인과 거래한 광고 매출액
8.
수혜법인이 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 지방공기업(이하 이 호에서 "국가등"이라 한다)이 운영하는 사업에 참여함에 따라 국가등이나 「국가재정법」 별표 2에서 규정하는 법률에 따라 설립된 기금(이하 이 호에서 "공공기금"이라 한다) 또는 공공기금이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 100을 출자하고 있는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인에 출자한 경우 해당 법인과 거래한 매출액
⑪
법 제45조의3제1항에서 특수관계법인거래비율을 계산할 때 특수관계법인이 둘 이상인 경우에는 각각의 매출액을 모두 합하여 계산한다. <개정 2013.2.15, 2014.2.21, 2016.2.5, 2023.2.28>
⑫
법 제45조의3제1항제2호 각 목의 계산식에서 "수혜법인의 세후영업이익"은 제1호의 가액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 제3호의 과세매출비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. <개정 2013.2.15, 2014.2.21, 2018.2.13, 2023.2.28>
「법인세법」제55조에 따른 수혜법인의 산출세액(같은 법 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액은 제외한다)에서 법인세액의 공제ㆍ감면액을 뺀 세액
나.
제1호에 따른 가액이 수혜법인의 「법인세법」제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액에서 차지하는 비율(1을 초과하는 경우에는 1로 한다)
3.
과세매출비율
⑬
법 제45조의3제1항의 증여의제이익은 사업연도 말 현재 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 지배주주와 그 친족(이하 이 조에서 "지배주주등"이라 한다)의 수혜법인에 대한 출자관계(간접보유비율이 1천분의 1 미만인 경우의 해당 출자관계는 제외한다)별로 각각 구분하여 계산한 금액을 모두 합하여 계산한다. 이 경우 법 제45조의3제1항제2호가목 및 나목의 계산식 중 "한계보유비율을 초과하는 주식보유비율" 또는 "한계보유비율의 100분의 50을 초과하는 주식보유비율"을 계산할 때 수혜법인에 대한 간접보유비율이 있는 경우에는 해당 간접보유비율에서 각 한계보유비율 또는 한계보유비율의 100분의 50을 먼저 빼고 간접출자관계가 두 개 이상인 경우에는 각각의 간접보유비율 중 작은 것에서부터 뺀다. <개정 2013.2.15, 2014.2.21, 2017.2.7, 2018.2.13, 2023.2.28>
1.
삭제 <2014.2.21>
2.
삭제 <2014.2.21>
⑭
제13항에 따른 증여의제이익을 계산할 때 제10항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우로서 지배주주등의 출자관계별로 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 과세제외매출액에 포함하여 계산한다. 이 경우 다음 각 호에 동시에 해당하는 경우에는 더 큰 금액으로 한다. <신설 2014.2.21, 2019.2.12, 2020.2.11, 2023.2.28>
1.
수혜법인이 제18항에 따른 간접출자법인인 특수관계법인과 거래한 매출액
2.
지주회사의 자회사 또는 손자회사에 해당하는 수혜법인이 그 지주회사의 다른 자회사 또는 손자회사에 해당하는 특수관계법인과 거래한 매출액에 그 지주회사의 특수관계법인에 대한 주식보유비율을 곱한 금액. 다만, 지배주주등이 수혜법인 및 특수관계법인과 지주회사를 통하여 각각 간접출자관계에 있는 경우로 한정한다.
3.
수혜법인이 특수관계법인과 거래한 매출액에 지배주주등의 그 특수관계법인에 대한 주식보유비율을 곱한 금액
4.
제18항에 따른 간접출자법인의 자법인(특정 법인이 어느 법인의 최대주주등에 해당하는 경우 그 법인을 특정 법인의 자법인이라 한다. 이하 이 호에서 같다)에 해당하는 수혜법인이 그 간접출자법인의 다른 자법인에 해당하는 특수관계법인과 거래한 경우로서 다음 각 목을 모두 충족하는 경우에는 해당 거래에 따른 매출액에 그 간접출자법인의 특수관계법인에 대한 주식보유비율을 곱한 금액
가.
지배주주등 및 지배주주의 특수관계인(그 간접출자법인은 제외한다)이 수혜법인 및 특수관계법인의 주식등을 보유하지 않을 것
나.
특수관계법인이 수혜법인의 주식등을 직접 또는 간접으로 보유하지 않고 수혜법인이 특수관계법인의 주식등을 직접 또는 간접으로 보유하지 않을 것
다.
수혜법인 및 특수관계법인이 지배주주등과 수혜법인 및 특수관계법인 사이에 주식보유를 통하여 개재되어 있는 법인의 주식을 직접 또는 간접으로 보유하지 않을 것
⑮
제13항을 적용할 때 지배주주등이 수혜법인의 직전 사업연도에 대한 법 제68조제1항 단서에 따른 증여세 과세표준 신고기한의 다음날부터 해당 사업연도에 대한 같은 항 단서에 따른 증여세 과세표준 신고기한까지 수혜법인 또는 간접출자법인으로부터 배당받은 소득이 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 해당 출자관계의 증여의제이익에서 공제한다. 다만, 공제 후의 금액이 음수(陰數)인 경우에는 영으로 본다. <개정 2014.2.21, 2022.2.15, 2023.2.28>
1.
수혜법인으로부터 받은 배당소득: 다음 계산식에 따라 계산한 금액. 이 경우 배당가능이익은 「법인세법 시행령」제86조의3제1항에 따른 배당가능이익(이하 이 항에서 "배당가능이익"이라 한다)으로 한다.
2.
간접출자법인으로부터 받은 배당소득: 다음 계산식에 따라 계산한 금액
⑯
법 제45조의3제1항제1호가목에서 "「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제31조에 따른 공시대상기업집단 간의 교차거래 등으로서 대통령령으로 정하는 거래에서 발생한 매출액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 목적으로 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제31조에 따른 공시대상기업집단 간에 계약ㆍ협정 및 결의 등에 따라 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 거래를 거치는 방법으로 발생한 수혜법인의 매출액을 말한다. <신설 2018.2.13, 2021.12.28, 2023.2.28>
